自主实习三方协议是实习合同，属劳务合同。依据《民法典》，此协议明确实习关系非劳动关系，违约承担民事责任。不及时处理违约，可能影响个人信誉及未来就业。
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自主实习三方协议问题，常见处理为协商、调解或诉讼。首选协商，快速直接；协商不成可申请调解，更为平和；仍无法解决则提起诉讼，法律裁决。
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自主实习三方协议疑问，分情况处理：1. 协议解释：明确协议内容，区分劳务与劳动关系，依据《民法典》界定责任。2. 违约处理：先协商赔偿，协商不成可寻求法律途径，如调解或起诉，避免个人信誉受损。3. 争议解决：如遇协议执行争议，及时收集证据，咨询律师，通过法律手段维护权益。