在分居期间，若夫妻最终决定离婚，孩子的抚养权会根据孩子的年龄和双方的情况进行确定。依据《中华人民共和国民法典》相关规定，对于两周岁以下的孩子，抚养权一般归母亲；对于两周岁以上的孩子，抚养权会考虑条件较好的一方；而对于八周岁以上的孩子，则会尊重孩子的个人意愿。及早明确抚养权是为了保障孩子的成长环境和身心健康。
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在夫妻分居期间，关于孩子的抚养权，可以通过协商和诉讼两种常见方式处理。首推协商，双方可达成抚养协议，确保孩子的利益得到最大程度的保护；若协商无果，可通过诉讼途径，由法院根据具体情况作出判决。
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分居期间夫妻若离婚，孩子抚养权的判定依据主要是孩子的年龄。对于两周岁以下的孩子，抚养权通常归母亲；对于两周岁以上的孩子，则根据双方条件判决，条件优越者获得抚养权；对于八岁以上的孩子，尊重其个人意愿。此外，双方也可达成协议轮流抚养。法院会根据具体情况介入并作出判决，以确保孩子的权益得到保障。
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